A HPV-fertőzés azért veszélyes, mert a vírus nagyon ügyesen tud „elbújni” az immunrendszer elől. Normál esetben az immunsejtek felismerik a kórokozókat, és gyorsan elpusztítják őket. A HPV azonban különféle stratégiákat használ, hogy elkerülje a szervezet védekező válaszát. Ez az úgynevezett immuntolerancia és immunmoduláció: a vírus módosítja a környezetét, így az immunrendszer kevésbé reagál rá.
Ennek következménye, hogy a fertőzés tartóssá válhat. Minél tovább marad a HPV jelen a szervezetben, annál nagyobb az esélye annak, hogy sejtelváltozások és daganatos folyamatok indulnak el, például a méhnyakon.