Nem minden probiotikum működik ugyanúgy, nem mindegyikük hatékony, illetve nem mindegyikük ugyanazon betegségek esetében hat ugyanúgy, így fontos figyelemmel lenned az általad használni kívánt probiotikus törzsre. Szükséges a baktériumtörzs azonosítása. Az egy adott törzs "ujjlenyomatához köthető" egészségügyi hatásokat "törzs-specifikusságnak" nevezzük, ami nagyon fontos, mivel néha nagy különbségek lehetnek ugyanazon faj probiotikus törzsei(nek) hatásai között.
Például vannak olyan probiotikumok amelyek a testsúlycsökkentéshez, a mentális egészség javításához, hasmenésre vagy antibiotikum használat melletti fogyasztásra ajánlottak.
Kapható kiemelkedően magas csíraszámú, több törzsből álló probiotikus kiegészítő is, melynek előnyei közé tartozik az egyes probiotikus törzsek szinergikus hatása, valamint az egészségügyi előnyök szélesebb spektruma az egyetlen probiotikus törzs beviteléhez képes