A gyomor megbetegedései és a gyomor nyálkahártyájának súlyos károsodása (Helicobacter pylori fertőzés, túl kevés vagy túl sok gyomorsav, reflux, krónikus gyomorhurut) vagy a gyomrot érintő csonkító műtétek, ahol eltávolításra került a gyomor azon része, ahol az intrinzik faktor termelődik, szintén B12-vitamin hiányához vezetnek.
Mivel a húsban található B12-vitamin állati fehérjéhez kötődik, a gyomorsav az, ami feloldja a kötést és felszívhatóvá teszi a B12-őt. Az étrend-kiegészítőkben található aktív B12 formáknál ez nem áll fenn, így ezek nagyon könnyű.