Az enzimek kulcsszerepet játszanak az ételallergiában, mivel a megfelelő emésztőenzimek hiánya vagy elégtelen működése hozzájárulhat az allergiás reakciók kialakulásához.
Az emésztőenzimek, például a laktáz, amiláz, proteáz és lipáz, lebontják az ételekben található makrotápanyagokat kisebb, könnyebben felszívódó molekulákra. Ha ezek az enzimek nem működnek megfelelően, az emésztetlen vagy részben lebontott fehérjék áthaladhatnak a bélfalon, és az immunrendszer idegen anyagként ismerheti fel őket, ami allergiás reakcióhoz vezethet. Például a laktáz enzim hiánya laktózintoleranciát okoz, amely ugyan nem klasszikus allergia, de hasonló emésztési panaszokkal járhat. Az enzimpótló terápiák egyes esetekben segíthetnek csökkenteni az allergiás reakciók súlyosságát azáltal, hogy elősegítik a problémás fehérjék hatékonyabb lebontását.