A krónikus székrekedés bélrendszeri diszbiózissal, vagyis a bélflórában élő nemkívánatos baktériumok számának növekedésével és a jótékony baktériumok csökkenésével párosul, amit más néven bélflóra egyensúlyvesztésnek is nevezünk.
Ilyenkor a rossz baktériumok olyan toxinokat termelnek, melyek megváltoztatják a bélrendszer pH értékét, megnő az elágazó láncú zsírsavak, az ammónia és a fenolok termelése. Csökken a rövid láncú zsírsavak mennyisége, különösen a vajsavé, ami megnöveli a vízelvonást, károsítja a hámsejtek egészségét, csökkenti a vastagbél véráramlását, az izomösszehúzódásokat és a bélperisztaltikát. Mindezek keményebb székletet és székrekedést okoznak.